合理的角色搭配是提升战斗力的核心要素。忍者组合需要综合考虑属性相克、技能互补、战斗定位以及战术适应性。属性方面，风、雷、水、火、土五种属性之间存在明确的克制关系，例如水属性可压制火属性，雷属性对土属性有额外伤害。在组建队伍时需优先分析敌方常用属性，选择克制阵容以占据优势。技能搭配则强调控制、输出、辅助的协同，例如高爆发型忍者配合控制型角色可形成连招压制，而治疗型忍者能有效延长队伍生存时间。
一个理想阵容应包含输出、防御、控制及辅助四种职能。输出型忍者负责快速削减敌方血量，如宇智波鼬或自来也；防御型角色如我爱罗能吸收伤害并为团队提供保护；控制型忍者通过限制对手行动创造输出机会；辅助型角色则提供治疗或增益效果。避免选择职能重叠的忍者，否则容易被针对性克制。根据PVE或PVP模式调整阵容侧重点，副本挑战需侧重持续输出与生存，而竞技对抗更依赖先手控制与爆发。
战术层面需注重技能释放顺序与地形利用。先手控制技能可打断敌方节奏，随后接高伤害奥义形成连击。部分忍者的技能受地形影响较大，例如狭窄空间适合范围型忍术发挥，而开阔场地利于机动性强的角色拉扯。战斗中还需观察敌方阵容变化，动态调整战术，例如对方侧重治疗则优先集火辅助单位。忍者培养不可偏废，均衡提升核心角色的等级、装备与秘卷，避免因单一角色强度不足导致阵容短板。
通过多次对战测试阵容容错率，记录技能衔接流畅度与克制效果，逐步替换弱势角色。关注新忍者的技能机制，适时纳入阵容以应对版本环境变化。养成多套备用阵容以适配不同战斗场景，例如针对高爆发对手可增加防御型忍者比例。耐心调整与经验积累是掌握组合搭配艺术的必经之路。
