水系精灵的捕捉主要依赖于水域分布、钓竿使用和特定剧情获取。杰尼龟作为初始水系精灵，玩家可以从大木博士处直接获得，这是游戏初期最稳定的水系精灵来源。其他常见水系精灵如蚊香蝌蚪可在陆地水域使用钓竿捕获，而玛瑙水母和大钳蟹则广泛分布于大部分水域区域，使用中级或高级钓竿能显著提高捕获几率。部分稀有水系精灵如墨海马和角金鱼主要出现在海域环境，需要玩家耐心寻找。
小海狮作为冰水双属性精灵，只能在双子岛特定区域捕获，而呆呆兽则是叶绿版专属精灵。乘龙需要通过金黄市希鲁夫公司的剧情获得，水精灵则需要先在彩虹市获取伊布后使用水之石进化。化石类水系精灵菊石兽和化石盔需在奥西米山获取化石后，前往红莲岛的化石复活实验室进行复活。鲤鱼王虽然在任何水域都能用低级钓竿捕获，但其进化形态暴鲤龙需要使用高级钓竿才有机会直接捕获。
游戏中共有三种钓竿：破旧钓竿、好钓竿和超级钓竿，分别对应不同等级的水系精灵。低级水域使用破旧钓竿即可捕获基础水系精灵，而中级和高级水域则需要相应等级的钓竿。部分水系精灵如海星星是叶绿版专属，火红版玩家无法获取。在七之岛任务完成后，玩家还可以在特定岛屿发现更多稀有水系精灵的分布点。
水系精灵的培养策略需要考虑属性克制和技能搭配。大部分水系精灵都能学习冲浪术和攀瀑术等实用秘传技能，在队伍中兼具战斗和地图探索功能。对于想组建水系专队的玩家，建议优先培养能学习多种属性技能的混合型水系精灵，如水伊布或宝石海星，以弥补单一属性容易被克制的弱点。游戏后期通过交换或特殊事件获得的水系传说精灵如拉普拉斯，也是值得投入资源培养的强力选择。
水系精灵的分布会随着游戏进度逐步开放。前期建议在华蓝市周边水域积累基础水系精灵，中期可前往枯叶市码头和双子岛扩大收集范围，后期则要专注七之岛的特殊水域区域。部分隐藏水系精灵如爱心鱼需要满足特定时间或天气条件才会出现，玩家需要留意游戏内的环境变化。合理规划捕捉路线，结合不同钓竿的使用时机，能够有效提高水系精灵的收集效率。
