选择合适的忍者对于副本通关至关重要。高输出型忍者如宇智波鼬、宇智波佐助等能够快速击败敌人，适合追求速通的玩家；高防御型忍者如漩涡鸣人、旗木卡卡西等则能承受更多伤害，适合容错率较低的关卡；辅助型忍者如春野樱、秋道丁次等能为队友提供增益效果，在组队副本中表现突出。合理搭配这三类忍者可以显著提升通关效率，尤其在精英副本和挑战副本中更需要针对性选择。
技能搭配是副本通关的另一核心要素。输出技能如月读、豪龙火之术等能快速清场，适合应对小怪密集的关卡；辅助技能如治疗之术、影子操控术等能在关键时刻扭转战局；防御技能则建议在面对BOSS高爆发攻击时使用。需控制技能冷却时间并预判敌人攻击模式，才能最大化技能效果。部分副本对忍者的属性有特定要求，如水属性或木属性克制关系，这需要在出战前仔细研究副本信息。
精英副本通常要求战力达到150W-200W才能稳定三星通关，若战力不足180W则可能需要通过金币复活来弥补时间损耗。提升战力的途径包括升级忍者装备、镶嵌高级勾玉、强化神器等。抗魔值在秘境探险类副本中尤为关键，烈炎秘境简单难度需124819战力，而毒风秘境修罗难度则要求655340战力，建议从低难度逐步积累饰品提升属性。
实战技巧方面，聚怪是提高清场效率的关键，通过走位将敌人控制在同方向后使用范围技能集中输出。BOSS战需重点观察其技能前摇，如赤牙的远程忍术有明显抬手动作，纲手的近身连招可通过保持距离规避。当发现常规打法难以通关时，可尝试更换忍者或调整秘卷技能，土遁·岩落等控制型秘卷能创造更多输出空间。三星评价通常要求剩余30秒以上且不使用药水，因此节奏把控比单纯输出更重要。
最后忍者品质和星级直接影响基础属性，高品质忍者如S级的自来也、SS级的宇智波斑等拥有更优秀的成长空间。通过扫荡精英副本收集忍者碎片升星，或参与活动获取限定忍者，都能有效提升副本通关能力。对于卡关情况，建议反复研究副本机制而非单纯提升战力，部分副本如小队突袭3的音忍关卡需要特别注意地面红圈炸弹等特殊机制。
