飞龙阵作为梦幻西游中备受青睐的阵法，虽然拥有强大的攻击力和团队协同能力，但并非完美无缺。这个阵法对物理防御的加成相对薄弱，尤其在面对高爆发物理门派时，队伍容易陷入被动。虽然法防位能有效抵御法术伤害，但物理位缺乏足够的减伤手段，一旦被敌方物理输出集火，脆皮角色可能瞬间倒地。
飞龙阵的三号位虽然提供高额法伤加成，但会降低角色速度，这在快节奏对战中可能成为致命伤。如果队伍中核心输出因减速无法及时出手，很可能被敌方控制或集火压制。尤其当对手使用鸟阵、风阵等加速阵法时，飞龙阵的速度劣势会更明显，导致战斗节奏完全被对手掌控。
这个阵法被天阵、鹰阵大克，同时小克云阵和雷阵。实战中如果遇到天阵队伍，飞龙阵的属性加成会被大幅削弱，原本的优势可能荡然无存。而且由于飞龙阵本身缺乏速度优势，被克制时很难通过战术调整扭转局面，这种先天克制关系让它在某些对局中显得力不从心。
团队配合要求过高也是飞龙阵的软肋。这个阵法需要每个位置的角色精准执行职责，任何一环出现失误都会影响整体效果。比如三号位法系输出必须保持稳定火力，四号位物理输出要及时补刀，而辅助位要兼顾治疗和解控。这种高要求的协同作战在野队或配合生疏的队伍中很难实现，稍有不慎就会导致阵法优势无法发挥。
飞龙阵更适合五门阵容，对门派组合有一定限制。如果队伍中有多个同类型输出，或者缺乏关键控制门派，阵法的效果会大打折扣。而且由于阵法加成的针对性较强，一些非主流门派在飞龙阵中可能找不到合适站位，这种局限性让它在阵容搭配上不够灵活。
